Chwasty, które zwykle są utrzymywane na niskim poziomie poprzez pielenie, szybko się mnożą w przypadku braku ochrony roślin.
Najpopularniejszym rozwiązaniem tego problemu jest często stosowana alternatywna metoda chemicznych środków zwalczających chwasty. Jednym z pierwszych odkrytych problemów jest to, że szkodniki i chwasty mogą stać się odporne na chemikalia. Po spryskaniu preparatem większość szkodników będzie całkowicie wyeliminowana. Jednak nie wszystkie szkodniki są zabijane, niektóre z niewielką zmiennością składu genetycznego są odporne i dlatego przeżywają opryski. Każde kolejne pokolenie szkodników, które przetrwały, będzie miało tę samą genetykę odporną na środki ochrony roślin, a ostatecznie szkodniki mogą stać się całkowicie odporne.
Nieświadomi tego, jak poradzić sobie z tym problemem, rolnicy często zwiększają stosowanie środków zwalczających insekty czy chwasty, powodując pogłębienie problemu.
Ze względu na możliwe zagrożenia dla zdrowia związane ze stosowaniem środków ochrony roślin, koszt opracowania nowych preparatów wzrastał w coraz szybszym tempie w ostatnich latach. Przepisy rządowe stały się bardziej rygorystyczne, spowalniając tempo rozwoju, a tym samym zwiększając koszty nowych produktów. Rosnące problemy z odpornością szkodników spowodowały również krótszą popularność na rynku wielu środków na chwasty w rzepaku czy insekty. Wszystkie te czynniki powodują wyższe koszty i potencjalnie niższe zyski dla firm chemicznych i rolników. Pomimo wszystkich niedogodności związanych z chemiczną kontrolą szkodników, wciąż istnieje wiele powodów, które mogą przekonać rolników do dalszego ich stosowania. Największą zaletą środków ochrony roślin jest to, że są one łatwo dostępne i bardzo łatwe w użyciu w przeciwieństwie do metod alternatywnych, takich jak kontrola biologiczna i inne podobne metody, których planowanie i przeprowadzenie może potrwać długo i często nie ma to bezpośredniego wpływu na szkodniki czy chwasty. Kiedy szkodniki muszą być zwalczane na dużych obszarach ziemi, środki zwalczające chwasty okazują się bardzo opłacalne, w tym gdy potrzeba mniej pracy ludzkiej, aby utrzymać szkodniki i chwasty pod kontrolą.